今回、10Xを使って、single-cell RNA-seqを行ったが、その際にCellPlexによるBarcodeづけを行った。その際の体験談を記載していく。
CellPlexとはなにか？
CellPlexによって、細胞膜にCell Multiplex oligoという塩基配列をつけることでsample間を区別する目的に行う。
メリット；Batch effectの現象、gel beadの使用量の削減 が可能となる。
つまり、10Xの技術で最終産物における塩基配列内で
- sampleの区別；CellPlex barcode = Feature barcode
- cellの区別；10x Barcode
- mRNAなどの塩基分子の区別；UMI
で行っている。（と私は理解している）
10X genomicsでのprotocol
まず、10X genomicsが提供するprotocolが多すぎて、どれに該当するのかよくわからない、、ということが起きました。
CellPlexの説明書；
CG000891-Rev Aは簡易的な説明書ではあるが、Rev Bの方が包括的な説明書であるため、こちらをまずは読むべき
Chromium Next GEM v3.1の説明書；
CellPlexが終了し、gel beadを混ぜて10Xにかける→library作成までのprotocol
これらをよく読んで準備をしておく。
購入したもの
当研究室では10Xでのsingle-cell RNA-seqがよく行われていたので、基本的な物品はあり。
新たに追加したものは以下の通り
- 3′ Cell Plex Kit Set A; CellPlexでsample barcodeを行う際に用いる
- 3’ Feature Barcode Kit; 10X後にmRNA, Barcodeの両方のcDNAをamplificationする際に用いる。primerが異なるため、従来のものを使わないこと
- Dual Index Plate NN SetA; Barcodeに対してNGSをかけるためにlibraryを作成する際に使用する
これらの物品を用意して、CellPlexを用いた10Xを行ってみましょう。
次回は、実際にやってみた時のことを記載します。
