【体験談】10X 実験 CellPlex使用 注意事項

それでは、CellPlexを用いた、sample間のbarcode付けを行い、cDNAを作成するところまでで注意点がありますので紹介します。

CellPlexをもちいて細胞調整するのには時間がかかる

CellPlexはサンプルを増やせるのがメリットとなりますが、その分細胞調整に時間がかかります。

私の場合は凍結細胞を用いて行いました。下記の通りに行いました。

Thawing → TryPLE selectで再度dissociate → CellPlexでtagづけ →FACS

TryPLE selectの工程はなくても良いかと思いますが、全体でおよそ2時間半〜3時間程度かかりました。細胞にダメージが蓄積していないか心配です。。

10X genomicsのprotocolでは、細胞調整にlow-bind 2.0 mL tubeとあったので、それを使用しました。

すると、low-bindのためなのか、遠心後、吸引した時にかなり数の細胞が持っていかれました。事前の予行演習では通常の培養用の2.0 mL tubeを用いたら特にいつも通りで問題なかったのですが。。

いきなりtubeの種類を変えてはいけませんね、反省。。

注意

注意として遠心後に顕微鏡下でpelletが見えないと上澄み液が見えないので、あらかじめ採取した細胞に適したtubeを特定しておく必要があります。

上澄み液を可能な限り除去することがクオリティに関わるそうです。

CellPlexによるBarcode塩基配列もamplifyする必要があるので、Step2.2のcDNA amplificationにおいてprimerを間違えないように注意しましょう。

SPRIselectの濃度によってDNAの長さセレクションを行います。

となっており、SPRIselectで精製する際に、上澄み液、beadsの両方を使用していきますので、どちらかを破棄しない様にしましょう。

はじめて10X with CellPlex barcodeを行いました。

サンプルが貴重だと予備実験もなかなか大変ですが、可能な限り施行し、適切な物品を使用しましょう。

今回の記事が皆さんの役に立つことを願って。