Rでplotをしていると勝手に色を指定されてしまうため、plot間での色が一定しない場合があります。
どういうことかと具体的に言うと、、
reference dataをベースとしたplot, clusterがあり
そこに、自分のdataを書きたいと思った時
そこに、自分のdataを書きたいと思った時
reference dataでcluster12くらいに分離できたので、Dimplotした。色が適当に振り付けられる。
自分のdataをreference dataの上に載せたが、cluster 9/12くらいしかない場合
→Dimplotするとreference dataのclusterの色と変わってしまう
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せっかく、reference dataの上に載せたのに、色が変わるとよくわからない。。
色を揃えた方がわかりやすい
plotするときにmanualで色を指定してみる
# 色を指定する方法
scale_color_manual(values = c("0"= "#F8766D", "1" = "#D89000", "2"= "#A3A500", "3"= "#39B600", "4"= "#00BF7D", "5"= "#00BFC4", "6"="#00B0F6", "7"="#9590FF", "8"="#E76BF3", "9"="#FF62BC", "10"="#E7861B", "11"="#72B000", "12"="#00C1AA")# Dimplotでtitleと色を指定する
Dimplot() + ggtitle("test") + scale_color_manual(values = c("0"= "#F8766D", "1" = "#D89000", "2"= "#A3A500", "3"= "#39B600", "4"= "#00BF7D", "5"= "#00BFC4", "6"="#00B0F6", "7"="#9590FF", "8"="#E76BF3", "9"="#FF62BC", "10"="#E7861B", "11"="#72B000", "12"="#00C1AA")Dimplotはggplotをベースに作られているので、ggplotでの色の指定方法を検索すれば出てきます。
ちなみに、
"0"= "#F8766D"“0”はcluster 0を指定しており、
“#F8766D”は色を指定しています。
Rで使われている色の確認方法
こことかで指定がわかります。
そのほか、
show_col(hue_pal()(16))
# 知りたい色の数を16のところに置き換えるとコードがわかる私の場合は100で指定すると
となり、ここの#—-で色を指定しました。
まとめ
Rでの色の指定の仕方を学んだので共有しました。
綺麗なFigureを目指しましょう。
